活性炭在装入过滤器前，应在底部和顶部加铺２～３厘米厚的海绵，作用是阻止藻类等大颗粒杂质渗透进去。过滤的水应缓慢地流出过滤层。新的活性炭在第一次使用前应洗涤洁净，否则有墨黑色水流出。活性炭要放在网袋中然后再将它系紧固定。装满活性炭的袋子可以放在外部的过滤器中，或放在滴流式过滤器的水槽中。必要时，可以强迫全部的水流通过活性炭，但在某种情况下这会增加过滤器运转的阻力并减低其效用。

水族箱建议使用椰壳活性炭，椰壳活性碳吸附能力较高，视密度(假比重)大多低于0.45g/ml，灰分大多低于5%，当活性碳的比重和灰份越低，可表示其内没有太多无机盐类和杂质等，孔隙所占的比率就较高。一般来说，活性炭颗粒越小，过滤面积就越大。所以，粉状活性炭总面积大，吸附效果佳，但粉末状的活性炭很容易随水流入水族箱中，难以控制，很少采用。

颗粒状的活性炭因颗粒成形不易流动，水中有机物等杂质在活性炭过滤层中也不易阻塞，其吸附能力强，携带更换方便。活性炭的吸附能力和与水接触的时间成正比，接触时间越长，过滤后的水质越佳。活性炭在使用初期的吸附效果很高。但时间一长，活性炭的吸附能力会不同程度地减弱，吸附效果也随之下降。如果水族箱中水质混浊，水中有机物含量高，活性炭很快就会丧失过滤功能。

所以，活性炭应定期清洗或更换，一般活性炭使用２～３个月后，如果过滤效果下降就应调换新的活性炭，海绵层也要定期更换。